Après les langues indo-européennes établies, les langues indo-européennes inclassables ou hypothétiques, il existe des langues dont le caractère indo-européen est incertain. Ces langues sont peu documentées ou paraissent plus anciennes.
Le ligure et le rhète
Le ligure était une langue répandue entre le sud-est de la France et l'Italie du nord. Il peut s'agir soit d'une langue pré-indo-européenne (on verra plus tard ce qui se cache derrière ce terme pompeux) comme l'ibère d'Espagne, soit d'une langue indo-européenne ancienne, distincte du celtique et de l'italique (un rapprochement peut être fait avec les langues indo-européennes pré-celtiques d'Espagne : asturien, cantabre, lusitanien). On pourrait rapprocher le ligure de l'étrusque et d'une autre langue voisine, le rhète, considéré comme proche de l'étrusque (langues tyrséniennes).
Le rhète, lui, était parlé plus au nord, dans ce qui correspond à la Suisse actuelle. Deux théories existent autour du rhète : soit il s'agit d'une langue proche de l'étrusque (donc non certainement indo-européene), soit il est proche du vénète, langue italique.
Le nord-picène
Si le sud-picène appartient aux langues italiques (donc indo-européennes), le nord-picène, parlé, comme son nom l'indique (et oui, les linguistes se sont foulés), plus au nord, ne ressemble à rien de connu. Ni italique, ni même indo-européen ! On pourrait le relier, hypothétiquement bien sûr, au ligure, au rhète ou à l'étrusque...
Le tartessien
Le tartessien, parlé au sud-ouest de l'Espagne actuelle, semble indo-européen. Malgré sa position géographique, il semble même appartenir aux langues anatoliennes ! Mais ces théories sont encore loin d'être établies...
Les langues pré-helléniques
Les deux principaux substrats pré-helléniques décelés sont le pré-hellénique A, apparenté aux langues anatoliennes et le pré-hellénique B, apparenté aux langues thraces ou même balto-slaves. Il faut y ajouter bien sûr les autres substrats pré-indo-européens (comme le minoen par exemple). Ces peuples pré-helléniques étaient nommés Pélasges par les Grecs. Ce terme peut se rapprocher du terme "Philistins", ce qui laisse à penser que les Philistins pourraient avoir une ascendance anatolienne ou thrace.
L'étrusque
L'étrusque a longtemps été considéré comme non indo-européen. Toutefois, des linguistes sont revenus sur cette théorie, mettant en avant les déclinaisons, voire l'ordre des mots. Toutefois, aucun lexique commun n'existe entre l'indo-européen et ce que l'on sait de l'étrusque (en exceptant bien sûr les emprunts !)